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Partie 5 du guide « Gérer une CPTS »

Gérer les finances

Une CPTS gère des fonds publics importants, versés en partie selon ses résultats. Un budget prudent, une comptabilité propre et un dossier annuel préparé tout au long de l’année évitent les mauvaises surprises.

Mis à jour le , sources officielles citées à la fin de chaque partie.

Guide offert par CPTShero, le logiciel de gestion des CPTS.

Chapitre 19

Les sources de financement

287 500 €maximum annuel de l’ACI pour une taille 1
580 000 €maximum annuel de l’ACI pour une taille 4
121 M€versés aux CPTS en 2023, selon le Sénat

L’ACI : fonctionnement et missions

L’accord conventionnel interprofessionnel est la ressource pérenne. Il comprend une enveloppe de fonctionnement, versée dès la signature du contrat, et une enveloppe par mission composée d’une part fixe (les moyens engagés) et d’une part variable (les actions et les résultats, mesurés par les indicateurs du contrat). La CPTS est libre d’affecter les fonds comme elle l’entend, dans le respect de son projet.

Montants annuels maximaux de l’ACI par taille
Enveloppe (part fixe + part variable)Taille 1Taille 2Taille 3Taille 4
Fonctionnement de la communauté50 000 €60 000 €75 000 €90 000 €
Accès aux soins (médecin traitant, soins non programmés)55 000 € + 25 000 €70 000 € + 30 000 €90 000 € + 35 000 €110 000 € + 45 000 €
Parcours pluriprofessionnels25 000 € + 25 000 €35 000 € + 35 000 €45 000 € + 45 000 €50 000 € + 50 000 €
Prévention10 000 € + 10 000 €15 000 € + 15 000 €17 500 € + 17 500 €20 000 € + 20 000 €
Crises sanitaires graves (année de rédaction du plan)25 000 € + 37 500 €35 000 € + 52 500 €45 000 € + 67 500 €50 000 € + 75 000 €
Qualité et pertinence des soins (optionnelle)7 500 € + 7 500 €10 000 € + 10 000 €15 000 € + 15 000 €20 000 € + 20 000 €
Accompagnement des professionnels (optionnelle)5 000 € + 5 000 €7 500 € + 7 500 €10 000 € + 10 000 €15 000 € + 15 000 €
Maximum annuel287 500 €382 500 €487 500 €580 000 €
Source : ameli.fr, consulté le 15 octobre 2026. Les CPTS de taille 4 d’au moins 100 membres bénéficient d’une majoration de 10 % sur les missions.

Le calendrier des versements

  • À la signature, le fonctionnement est dû ; une avance de 75 % est versée chaque année à la date anniversaire du contrat.
  • Au démarrage de chaque mission, une avance de 75 % de sa part fixe, proratisée selon la date de démarrage.
  • Dans les deux mois suivant la date anniversaire, après l’examen annuel : le solde de l’année écoulée, la part variable selon les résultats, et l’avance de l’année suivante.
  • En cas de crise sanitaire reconnue par l’ARS, la part variable de la mission crise est versée dans le mois.

Le FIR et les autres financements

  • Le fonds d’intervention régional (FIR), attribué par l’ARS : souvent l’amorçage (diagnostic, projet de santé), parfois une action précise (prévention, système d’information, coordination d’un parcours).
  • L’aide de l’ACI aux missions démarrées tôt, avant la signature, pour une mission socle déjà opérationnelle.
  • Les collectivités : communes, intercommunalités, département ou région, notamment dans le cadre d’un contrat local de santé ou pour l’attractivité du territoire.
  • Les appels à projets de santé publique, de prévention ou d’innovation (ARS, caisses, fondations, mutuelles).
  • Les cotisations des membres, modestes, et les éventuelles prestations (formations).
Chapitre 20

Construire et suivre le budget annuel

Le budget d’une CPTS se construit à partir des missions, pas à partir de l’enveloppe maximale. Il se vote en conseil d’administration avant le début de l’exercice et se suit chaque trimestre.

  1. Recettes sûres : fonctionnement et parts fixes des missions engagées.
  2. Recettes probables : une part de la variable, estimée prudemment à partir des indicateurs de l’année précédente (50 % la première année est une hypothèse raisonnable).
  3. Charges de structure : coordinateur et équipe, locaux, comptabilité, assurances, outils, déplacements.
  4. Charges par mission : indemnisation des professionnels, actions (supports, salles, intervenants), communication dédiée.
  5. Réserve : de quoi couvrir trois à six mois de charges fixes, pour absorber un décalage de versement.
Exemple de structure de budget (à adapter)
PostePart indicativeRemarque
Coordination (salaires et charges)35 à 50 %Le premier poste, et le plus stable
Indemnisation des professionnels20 à 35 %À piloter par mission, au trimestre
Actions des missions10 à 20 %Prévention, parcours, communication aux patients
Fonctionnement (comptable, assurance, outils, locaux)5 à 10 %Comparez les offres chaque année
Réserve5 à 10 %Ne la consommez pas sans vote
Répartition donnée à titre d’illustration : elle varie fortement selon la taille, l’ancienneté et les choix de la CPTS.
Chapitre 21

Comptabilité associative et obligations légales

Une CPTS tient une comptabilité d’association selon le plan comptable des associations (règlement ANC 2018-06), en général avec un expert-comptable. Les subventions non utilisées en fin d’exercice pour l’objet prévu se suivent en fonds dédiés.

Le commissaire aux comptes

Une association qui reçoit plus de 153 000 € de subventions publiques par an doit nommer un commissaire aux comptes et publier ses comptes (article L612-4 du code de commerce). La Compagnie nationale des commissaires aux comptes considère que les financements de l’ARS et de l’Assurance maladie versés aux CPTS sont des subventions au sens de ce seuil (avis EJ 2023-32). Avec un maximum de 287 500 € dès la taille 1, beaucoup de CPTS franchissent le seuil dès que leurs missions sont déployées.

  • Comptes annuels arrêtés par le conseil et approuvés par l’assemblée générale dans les six mois.
  • Commissaire aux comptes nommé dès l’exercice où le seuil de 153 000 € est franchi.
  • Publication des comptes et du rapport du commissaire aux comptes au Journal officiel quand le seuil est franchi.
  • Déclarations sociales et paie à jour pour les salariés.
  • Assurance responsabilité civile de l’association et de ses dirigeants.
  • Déclaration en préfecture de tout changement de dirigeants ou de statuts.
  • Pièces justificatives conservées dix ans.

Côté fiscalité, une CPTS qui a conclu la convention avec l’ARS et la CPAM bénéficie d’exonérations d’impôt sur les sociétés et de cotisation foncière des entreprises (article L1434-12-2 du code de la santé publique). Faites confirmer votre situation par votre expert-comptable, notamment si vous vendez des prestations.

Chapitre 22

Préparer le dialogue de gestion avec la CPAM et l’ARS

Chaque année, à la date anniversaire du contrat, la CPTS, la CPAM et l’ARS examinent ensemble le déploiement des missions et le niveau d’atteinte des objectifs. Cet examen conditionne le solde et la part variable. Il se prépare toute l’année, pas la semaine précédente.

Le rétroplanning de l’examen annuel
QuandQuoi
Tout au long de l’annéeTracer les actions, les présences, les indemnisations et les dépenses par mission.
J – 3 moisDemander à la CPAM les valeurs des indicateurs nationaux ; consolider les indicateurs locaux.
J – 2 moisRédiger le bilan par mission : actions menées, résultats, écarts expliqués.
J – 1 moisValider le dossier en bureau ; préparer les propositions d’objectifs pour l’année suivante.
JRéunion avec la CPAM et l’ARS : présenter, argumenter, négocier.
J + 2 mois au plus tardVersement du solde, de la part variable et de l’avance.

Le contenu du dossier et la façon de le défendre sont détaillés dans la partie 9.

Sources

Textes et montants vérifiés à la date de mise à jour du guide. Les règles évoluent : vérifiez la version en vigueur avant toute décision.

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